Esta raza es fundamentada en una raza natural que surgió en la antigüedad; se basa de la selección natural donde el más apto es el que sobrevive. Realmente no se sabe cuando se establecieron las características peculiares de la raza. Definitivamente se encuentra en el grupo de perros Spitz de las razas nórdicas.

Se le llama Malamute de Alaska en referencia a la tribu Mahlemiut de la cultura Inuit que habitaba al noroeste de Alaska. Esta tribu era nómada y criaba o bien estos perros o perros muy similares. Hemos visto sugerencias que en su genética esta raza tiene algo de lobo. Sin embargo, la opinión de algunos expertos es que a los miembros de la cultura Inuit no les agradaban los lobos. Por tanto, si el cruce hubiese sucedido, los dueños de los perros hubieran tratado de deshacerse de tales híbridos.

No se sabe hasta que punto está el Malamute emparentado con los perros de los Mahlemiut. Un factor histórico que afectó seriamente la evolución de los perros de Alaska fue el descubrimiento de oro y la avalancha de interesados en prospectar (Gold Rush) que ocurrió en 1896. Siendo el perro nórdico el mejor animal de carga en aquellas regiones, pronto no quedaron más perros para venderles a los buscadores de fortuna. Entonces se importaron perros (entre los cuales se incluían el San Bernardo, Mastín, Gran Danés y otros) que a propósito se mezclaron con los perros de Alaska para darle la resistencia al frío. Algunos expertos estiman que las características puras de la raza que se habían desarrollado desde la antigüedad se disolvieron irreversiblemente. Otros afirman que tres generaciones más tarde el Malamute había regresado a su forma natural.

El Malamute moderno debe su linaje a dos estirpes básicas: los Kotzebue criados por Eva Seely en el noreste de los Estados Unidos y traídos de Alaska en la década de 1920 y los M'Loot criados por Paul Voelker en el centro de los Estados Unidos. Durante la década de 1940 las dos estirpes lucían diferentes. Con el transcurso de los años se han mezclado y ya es prácticamente imposible diferenciarlas.